Kaip dvaras Bubiai pradėjo formuotis XVIII–XIX a. sandūroje, kai Rusijos carienė Jakaterina II Bubius padovanojo savo favoritui Platonui Zubovui. Šiam mirus, dvarą paveldėjo jo brolis Dimitrijus Zubovas, vėliau - pastarojo sūnus Nikolajus. 1825 m. pradėtas statyti Dubysos-Ventos perkasas. Šio sudėtingo hidrotechninio įrenginio statyba nulėmė Bubių ekonominį pakilimą. Nedidelis kaimas išaugo į dvaro ūkinį centrą (palivarką), buvo nutiestas pašto kelias į Šiaulius, pastatytas tiltas per Dubysą, beveik įrengtas žiemos uostas. Tačiau darbus užbaigti sutrukdė 1831 m. sukilimas. Sukilėliai Bubiuose telkė jėgas Šiaulių šturmui. N. Zubovo sūnus Dimitrijus savo lėšomis atidarė pradžios mokyklą, kurioje buvo mokoma lietuviškai, našlaičių prieglaudą. D. Zubovo valdymo metais Bubių dvaro ūkis buvo perorientuotas į gyvulių auginimą, įsteigtos gyvulininkystės ir pienininkystės mokyklos. Dvare taip pat veikė lentpjūvė, plytinė, spirito varykla. Nuo XIX a. pabaigos iki 1940 m. Bubių dvaras buvo svarbus kultūrinis ir ūkinis centras.
Kartu su 1908 m. pastatytais rūmais sodybos kompleksui priklauso ir parkas, XIX a. pastatyta ir XX a. pradžioje rekonstruota arklidė, grūdų sandėlis, sodininko namas, sarginė, mokykla, mokytojų namas, trys kumetynai, tvartas, siloso bokštas, dvi daržinės, spirito varykla, spirito saugykla, ūkinis pastatas, namas, lentpjūvė ir joje esanti technika.
Dvaras privatus, veikia viešbutis, bravoras.
Atsiliepimai