Padubysio malūno savininkai Jonas ir Antanas Beinorai 1749 m. pasikvietė vienuolius bazilijonus, pastatė bažnyčią ir dovanojo vienuolynui žemės. Prie vienuolyno 1773 m. įkurta aukštesnioji parapinė mokykla. Ji 1793 m. pertvarkyta į keturklasę apygardėlės mokyklą. Vienuolynui XVIII a. pab. priklausė Bazilionų miestelis ir Mekių kaimas (19 valakų). XIX a. pradžioje buvo medinis vienaaukštis vienuolynas ir mokykla. Ji 1835 m. uždaryta.
1836 m. vienuolynas uždarytas ir perduotas stačiatikiams. Bažnyčia 1838 m. atiteko stačiatikiams. 1900 m. patvirtintas naujos cerkvės projektas. Bažnyčia 1918 m. grąžinta katalikams. 1918 m. rugsėjo 8 d. laikytos pirmosios katalikų šv. Mišios. Bažnyčia buvo Kurtuvėnų parapijos filija. 1933 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia.Ji išsiskiria aukštu cokoliu, žemu bokšteliu.
Atsiliepimai